Moduli EDI so običajno sestavljeni iz več ključnih komponent, ki skupaj standardizirajo in avtomatizirajo prenos podatkov med podjetji. Na splošno jih lahko razdelimo na plast pretvorbe podatkov, plast komunikacijskega prenosa, plast poslovnega preslikave in plast sistemske integracije, pri čemer ima vsaka svojo odgovornost.
Modul za pretvorbo in preslikavo podatkov je ena od osrednjih komponent EDI. Odgovoren je za pretvorbo neobdelanih podatkov iz notranjih sistemov podjetja (kot so podatki ERP ali CRM) v sporočila EDI, ki ustrezajo standardnim formatom, kot sta EDIFACT ali ANSI X12. Hkrati je odgovoren tudi za povratno razčlenjevanje podatkov od zunanjih partnerjev in njihovo pretvorbo v strukturirane podatke, ki jih prepoznajo notranji sistemi podjetja. Pravila za preslikavo polj in pravila za preverjanje veljavnosti podatkov imajo v tem procesu ključno vlogo.
Komunikacijski in prenosni modul je v prvi vrsti odgovoren za varen prenos sporočil EDI med različnimi podjetji. Običajne metode vključujejo omrežja VAN, protokole AS2 ali metode prenosa,-ki temeljijo na API-ju. Ta modul običajno vključuje tudi čakalne vrste sporočil, mehanizme ponovnega poskusa in spremljanje stanja prenosa, da se zagotovi zanesljiva dostava podatkov tudi v zapletenih omrežnih okoljih.
Modul sistemske integracije in upravljanja se uporablja za vgradnjo zmogljivosti EDI v obstoječe poslovne sisteme podjetja. Običajno je globoko integriran z ERP, WMS ali sistemi za upravljanje dobavne verige za avtomatizacijo poslovnih procesov, kot so obdelava naročil, pošiljanje in usklajevanje. Hkrati ta modul zagotavlja funkcije beleženja, obravnavanja izjem in spremljanja, kar podjetjem olajša sledenje in upravljanje procesov izmenjave podatkov.